Korzenie współczesnego aikido sięgają sztuki daito aikijutsu, za założyciela, której uważa się księcia Teijuna szóstego syna cesarza Seiwa (850-880 n.e.). Sztuka ta została przekazana następnym pokoleniom rodu Miramoto, dzięki Tsunemoto – synowi księcia Teijuna. Podwaliny dzisiejszego aikido musiały już z pewnością istnieć w czasach Shinry Saburo Yoshimitsu, młodszego brata Yoshiie Minamoto. Yoshimitsu był nie tylko niezwykle uzdolnionym wojownikiem, ale i uczonym. Mówi się, że studiował anatomię dokonując sekcji kryminalistów i opadłych w boju żołnierzy. Od nazwy domu Yoshimitsu – Pałac Daito – wzięła się nazwa jego systemu walki, który według legend zrodził się z obserwacji pająka zręcznie chwytającego w sieć znacznie większego od siebie owada.

Drugi syn, imieniem Yoshikiyo, mieszkał w Takeda, w prowincji Kai i z czasem zaczął być znany właśnie pod nazwiskiem Takeda. Opracowane wcześniej techniki stały się sekretną sztuką rodu Takeda i przez wiele pokoleń przekazywane były jedynie jego członkom. W 1574 roku Takedo Kunitsugu przeniósł się do Aizu, a techniki, jakie pozostawił potomnym stały się znane jako techniki Aizu-todome.

Techniki te stały się szerzej znane dopiero po Restauracji Meiji z 1868 roku, kiedy to Sokaku Takeda, wówczas głowa rodu, zdecydował się na ich publiczne nauczanie. Sokaku podróżował po całej Japonii nauczając swojej sztuki, by wreszcie osiedlić się na Hokkaido. Jego syn, Tokimune Takeda otworzył dojo w mieście Abashiri, w którym kontynuował dzieło ojca.

Najwybitniejszym uczniem Sokaku Takedy był Morihei Ueshiba, człowiek o niezwykłych zdolnościach, który wzbogacił techniki szkoły Daito o elementy innych sztuk walki, dodał również własne i na tej podstawie stworzył współczesne Aikido. Przez wiele lat Sensei Ueshiba nauczał w swoim dojo (w Wakamatsu-cho, w Tokio), które po śmierci przejął jego syn Kisshomaru Ueshiba. Wysiłkom i staraniom tego ostatniego Aikido zawdzięcza swój niezwykły rozwój poza granicami Japonii.

Do grona najwybitniejszych uczniów Ueshiby zalicza się również Gozo Shioda (9 dan) , wieloletni dyrektor Aikido Yoshinkan, który walnie przyczynił się do wzrostu popularności Aikido po II wojnie światowej. Shioda wstąpił do dojo mistrza Ueshiby w wieku 18 lat i spędził w nim 8 lat, już jako student demonstrując doskonałość techniczną i niezwykły wigor, który zdołał przyciągnąć całe szeregi nowych studentów. Shioda Sensei, podobnie jak Sokaku Takeda i Morihei Ueshiba, był niewielkiego wzrostu, ważył nieco ponad pięćdziesiąt kilogramów, a mimo to osiągnął niezwykłą biegłość w Aikido.

Niezwykła popularność Aikido datuje się od roku 1954, kiedy to „Life Extension Society” zorganizowało w Tokio pokaz japońskich sztuk walki, w którym wziął udział Sensei Shioda. Jego demonstracja wzbudziła wielkie zainteresowanie wywołała bardzo przychylne komentarze. Od tej chwili popularność wzrastała w takim tempie, że już po roku grupa finansistów powołała do życia Aikido Yoshinkan, którego prezesem został Shoshiro Kudo, a dyrektorem Sensei Shioda.

Korzenie Shudokan Aikido sięgają bezpośrednio do Yoshinkan Aikido. Do maja 2000 roku głową Shudokan Aikido był św.p. Soke Stratton 9 Dan, który był z kolei uczniem Senseia Thamby Rajah. Sensei Thamby Rajah, rozpoczął trening Aikido w 1954 roku w Japonii, ucząc się u Senseia Shiody. Po kilku latach spędzonych w Japonii wrócił do Malezji gdzie z powodów politycznych Sensei Thamby Rajah(obecnie 9 Dan) zdecydował się odłączyć od rodzimego stowarzyszenia Yoshinkan, co z kolei pociągnęło za sobą odejście Soke Strattona i zapoczątkowanie działalności Shudokan Institute Of Aikido International, z główną siedzibą w Wielkiej Brytanii.

Dzisiaj nazwa Shudokan Institute Of Aikido International istnieje jedynie na klubowych naszywkach (Badge), które znajdują się na lewej piersi naszych kimon. Po kilku latach od śmierci Soke Strattona styl Shudokan przyjął nazwę „Shudokan Aikido Akademia Czarnych Pasów”, a szefem i głównym instruktorem został i jest do tej pory uczeń Soke Strattona Sensei Ken Robson 7 Dan z główną siedzibą w Wielkiej Brytanii.